Vào đương thời với ưu thế độc tôn của chữ Hán và loại chữ viết manyōgana, kinh đô thời Nara này chỉ đơn giản được ghi lại bằng 3 chữ Hán 「平城京」 (Bình Thành Kinh). Mãi về sau đến nửa sau thời Heian mới hình thành hoàn chỉnh loại chữ viết hiragana nên khó lòng biết được cách phát âm chính xác vào lúc đó của 3 chữ Hán này là như thế nào. Trước đây sách giáo khoa phổ thông của Nhật đều phiên âm 3 chữ này là heijōkyō. Hiện nay nhiều sách giáo khoa lại phiên thành heizeikyō. Sự thật là, vì cả tên gọi Thiên hoàng Heizei (774 – 824) thời Heian cũng đọc là heizei (có ghi chép chính thức) và vì tổ hợp âm heijō lại là cách kết hợp không chuẩn của một âm Hán hei của chữ 「平」(Bình) và một âm Hán thời Ngô là "jō" của chữ 「城」(Thành) nên theo quy tắc ghi âm Hán chuẩn lẽ ra phải được thống nhất lại là heizei. Tuy vậy, từ trước đến nay cách đọc heijō đã quá phổ biến và ngay cả trong sự kiện Kỉ niệm 1300 năm dời đô đến Heijō-kyō được tổ chức ở tỉnh Nara cũng được phát âm là heijō nên vẫn giữ nguyên như thế.

Có ý kiến cho rằng, như ngày nay đều gọi là heijōkyō hoặc heizeikyō là gọi theo âm Hán, kỳ thực vào thời đó người Nhật gọi là nara no miyako (kinh đô Nara), theo âm Nhật thuần. Có vài giả thuyết về việc tại sao lại đọc 2 chữ Hán 平城 là nara mà trong đó, theo thuyết được đa số ý kiến tán thành thì là do 2 chữ 平城 có nghĩa là "kinh đô bằng phẳng"「平坦な都」('heitan na miyako'). Hiện nay trong tiếng Nhật cũng gọi việc "san lấp phẳng những bề mặt mấp mô" là 「土地をならす」(tochi o narasu), vậy là từ nara bao hàm ý nghĩa "bằng phẳng". Tóm lại, theo thuyết này thì tên gọi nara có ý nghĩa là chỉ việc dời đô từ Asuka-kyō tọa lạc giữa vùng núi non trùng điệp sang vùng chính giữa bồn địa Nara bằng phẳng. Do đó mà dùng chữ Hán 平 (Bình) để biểu thị ý nghĩa này. Và để ghi tên địa danh có ý nghĩa tốt đẹp bằng 2 chữ Hán theo kiểu Trung Quốc người ta đã dùng thêm chữ 城 (Thành) trong từ 'thành thị' để tạo thành tổ hợp 平城 và sử dụng làm tên kinh đô.

Ngoài ra, âm nara khi biểu diễn theo kiểu chữ manyōgana sẽ thành 2 chữ Hán 奈良 (Nại Lương) hoặc 寧楽 (Ninh Lạc). Đã từng có học giả nêu lên mối liên hệ giữa âm nara này với từ 나라 (nara) (có nghĩa là "nước, quốc gia") trong tiếng Triều Tiên, tuy nhiên hiện nay quan điểm này tương đối không được tán thành.